또 황우석 박사는 논란이 불거질 때까지 이 사실을 몰랐던 것으로 검찰은 잠정 결론지었다고 KBS측은 주장했다.
KBS는 또 검찰은 지난 1월11일 특별수사팀을 꾸린 이래 현장 조사까지 마친 후 검찰 수사가 김 연구원 혼자 줄기세포를 조작했으며, 2번과 3번 줄기세포 배양중 미즈메디 수정란을 섞었다는 사실을 김 연구원의 증언을 확보했다고 밝혔다.
특히 검찰은 지난해 10월 논란이 불거질 때까지 황 박사는 (줄기세포) 조작 사실을 몰랐다는데 무게를 두고 있다고 KBS는 강조했다. 그 근거로 KBS는 '조작 사실을 알았다면 실행할 수 없었던 여러 행동들'을 들었다.
그러나 황 박사는 데이터 조작과 2004년과 2005년 사이언스지에 실린 논문 조작에는 명백히 관여했다고 검찰은 밝혔다.
KBS는 검찰이 이번 수사 결과가 그대로 발표될 경우 사회적 파장이 클 것에 대비해 서울대 조사위측과 각계 교수진에 의견을 재청취하는 방안을 검토키로 했다고 주장했다.